Landgoed Prattenburg bestaat voor 360 ha uit bos. De bossen van Prattenburg lopen van de grens bebouwde kom van Veenendaal tot aan de jeugdherberg van Elst.

De bossen worden beheerd volgens de principes van het geïntegreerde bosbeheer, dat wil zeggen dat er gestreefd wordt naar een mix van houtproductie, recreatie en natuurbeheer, niet overal in gelijke mate maar afgestemd op de groeiplaats en de aanwezige boomsoorten.

Voor de houtproductie zijn de douglas, de Amerikaanse eik en de grove den van belang. Voor de recreatie is het uitgebreide netwerk van lanen en de variatie in boomsoorten juist zo aantrekkelijk voor de bezoeker. Oude en dode bomen, maar ook de structuur van het bos zijn van groot belang voor de in het bos levende planten, dieren en insecten.

De bossen van Prattenburg zijn gecertificeerd volgens de FSC, dit keurmerk geeft aan dat de bossen van Prattenburg op een duurzame wijze beheerd worden.