Het beheer van een landgoed is een kostbare zaak. Voor de openstelling van het bos wordt een minimale bijdrage van de overheid ontvangen. Dat is echter lang niet genoeg om de bossen te kunnen beheren. De productie en oogst van hout is daarom ook voor Prattenburg van groot belang.

De hoofdboomsoorten op Prattenburg zijn de grove den, de berk, de beuk, de zomereik, de Amerikaanse eik, de douglas en de Japanse lariks. De laatste drie soorten zijn voor Prattenburg van groot economisch belang.  Door deze soorten te mengen met andere soorten ontstaat een gevarieerd en voor de wandelaar aantrekkelijk bos.