Het huis Prattenburg was als boerderij al in de late middeleeuwen bekend en moet toen aanvankelijk “Grootveld” geheten hebben. De naam “Prattenburg” duikt voor het eerst op in oude akten in 1502, wanneer een stokoude Ludolf Quynt verklaart dat hij als kind bij zijn ouders op de hoeve “Prattenborch” woonde en daar schapen hoedde. Het huis wordt in die tijd beschreven als “de huijsinge, schuer off aghterhys, bergh, schaepschot met den moesschhoff en het landt voor desen tot bogaert gelegen”, terwijl ook “het Bosch, gelegen op den Bergh”genoemd wordt.

Na in verschillende handen te zijn geweest komt Prattenburg, in 1694 in het bezit van Jacob van Wijck, kanunnik van St. Marie te Utrecht. Hij laat het twee jaar later achter aan zijn neef mr. Anthony van Asch van Wijck, raad, schepen en burgemeester van Utrecht. Enkele decennia eerder waren in dit gebied al terreinen in handen van de familie.

De oudste bekende afbeelding van het huis maakte de tekenaar Cornelis Pronk in 1731. Op deze schets toont het huis zich, als restant van een groter huis, als een eenvoudig, rechthoekig of vierkant gebouw met een torenachtige allure met een zadeldak met een restant van de slotgracht. In deze tijd, begin achttiende eeuw, wordt Prattenburg een vervallen jachthuis genoemd. Naast boerderij, herenkamer of middeleeuws versterkte woning is ook het jachthuis soms de oorsprong van de buitenplaats zoals wij die nu kennen. In de loop der eeuwen zou Prattenburg uitgebreid worden tot een uitgestrekt landgoed met gronden ten westen en ten oosten van de weg naar Elst.

Aan het eind van de negentiende eeuw (1887) liet jhr. Mr. van Asch van Wijck het huis geheel herbouwen waarbij het grotendeels zijn huidige neogotisch uiterlijk kreeg. De toren, gebouwd op de oude fundamenten, kreeg een piramidevormig dak en werd opgenomen in een veel groter bakstenen complex met verscheidene zijtorentjes. In de jaren vijftig van de twintigste eeuw is het huis verbouwd en aangepast aan de eisen van deze tijd. Het park is direct rond het huis in of rond 1896 ontworpen door de tuinarchitect Otto Schultz met handhaving van het eeuwenoude lanenstelsel, terwijl Leonard Springer zich in de jaren daarna met het park van Prattenburg heeft bezig gehouden.  De vijverpartij werd door Copijn aangelegd. In de laatste jaren is door de familie van Asch van Wijck veel tijd en energie aan het onderhoud en herstel van het park besteed.